顺应潮流:仅血浆ctDNA-MRD检测的广泛应用前景!

2022-02-28 03:52:16 来源:
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"磷酸化被划入MRD侦测的潜力是一致的,希望这些困难重重将继续更颇高将来MRD侦测的性能指标。"

帕金森氏症的MRD侦测是一种灵敏且特异的用于出现异常帕金森氏症病患者血液循环之中源性遗传物质(如ctDNA)相对数量的方式。在这种完全下,病患者没有肉眼可见的鳞状,但确实共存标准外科底片方式无法侦测到但就此都会导致帕金森氏症发作的非常大鳞状。

MRD,常称为非常大完好无损鳞状(Minimal Residual Disease)。用于“Minimal” (非常大)这个该词,是因为它在古文献和外科研究专家之中愈来愈都用。不过,“Minimal”这个该词也许具“误导性”,因为低水平的原发性在病症和外科手术对政府之外也也许具重要意义。“Measurable”(可测量)一该词可愈来愈正确地地揭示完好无损在病患血液的抗体的共存。NCCN指南同时用于了“Minimal Residual Disease”(非常大完好无损鳞状)和“Measurable Residual Disease”(可测量完好无损鳞状)两个用法。

此部份,可行性分析说明在分子水平上侦测多种帕金森氏症一般来说的ctDNA同样具外科效用,古文献和外科研究专家有时也都会用于“Molecular Residual Disease”(分子完好无损鳞状)一该词。

近期,国内部份在并不一定之中基于ctDNA的MRD审计(ctDNA-MRD)的外科数据和证明越发多,开启了并不一定刺毛MRD侦测的波澜。并不一定刺毛ctDNA-MRD侦测的新技术当代主要有两大类:

1)Tumor-informed assays(知情统计分析)

对原发许多组织完成测序以断定病患者的特异测序突变图谱,然后设计程序会定制panel或用于互换panel完成独创的ctDNA侦测统计分析。

2)Tumor-uninformed assays(不知情统计分析)

也可以称为Tumor-agnostic assays或Tumor-naïve assays,即需原发许多组织,极少缺少四组预先选定程序会/探针设计的与帕金森氏症一般来说关的的互换panel完成ctDNA侦测统计分析,均都会侦测ctDNA等位基因组的同时,相相辅相成ctDNA磷酸化或段落组学等多组学方式。弥补了许多组织比对极低或出现异常位点极低或TAT过长等问题。

Tumor-informed assays的新技术方式而愈来愈符合社会大众的认知,在保证颇高专一性的前提下,可通过出现异常多位点的sample-level(比对水平)进一步更颇高其频率,新技术当选者相对来说不是同样颇高。Tumor-uninformed assays的新技术方式而愈来愈类似于早筛,通过更颇高site-level(位点水平)侦测频率并相相辅相成ctDNA磷酸化或段落组学并相辅相成机器学习解法进一步更颇高其频率和专一性,新技术当选者相对来说极低。

2021年4年末29日,《Clinical Cancer Research》该网站发表了“极少用于尿液ctDNA侦测结胃癌病患者非常大完好无损鳞状(MRD)”的文章,首次公开了Guardant Reveal的分析数据:MRD侦测频率远超到91%,专一性远超100%,这些注意到支持者了极少尿液ctDNA-MRD侦测(Tumor-uninformed assays)的潜在外科运用于。

2021年8年末13日,《Clinical Cancer Research》该网站发表了“顺应潮流:极少尿液ctDNA-MRD侦测的运用于前景”的文章,在这里历史学者们争论审计了极少尿液ctDNA侦测MRD的控制能力,以及将磷酸化紧密相辅相成到ctDNA侦测的潜在好处。2

Parikh及其同僚1 和Taieb及其同僚3 争论了极少尿液ctDNA-MRD侦测在结胃癌(CRC)病患者之中的潜在外科运用于。

▲ ctDNA磷酸化和等位基因组在两项分析之中的运用于比较(Parikh和Taieb)

结胃癌(CRC)的外科手术极少极少面临着一个挑战,即相当多的CRC病患者因后期疾病发作而过早死亡。尽管外科有别于了标准的辅助外科手术,但长期性IIIC期CRC病患者的5年生存率也极少有53%,究其原因是没有注意到底片学上未曾侦测到的非常大完好无损鳞状(MRD)。4

现在,仍迫切所需正确地确切哪些病患者术后共存MRD,以帮助指导工作增大或增加辅助外科手术,并增加治愈的也许性,同时能避免地增大过分外科手术的关的疗效。

在过去的几年里,我们对ctDNA在CRC检验和病症之中的运用于有了广泛的了解。现在,基于ctDNA的MRD审计正广泛运用于于帕金森氏症的外科手术之中。

ctDNA是由DNA的短段落组成(大约130-150bp),由抗体通过凋亡、发炎或分泌释放到体液之中。 ctDNA的半衰期较短致使其成为敏感的可实现负荷遥相呼应,它的共存也许反映了底片学上看不见的旋转移。

在治愈性外科手术结束后,ctDNA之中出现的卵子等位基因组对随后的底片学发作具极低的HIV预测价值,同样是当这些等位基因组与切掉的许多组织之中的等位基因组相匹配时。侦测这种ctDNA并不一定的MRD可以在I-III期CRC之中提前底片学数年末预测发作,从而为四组就此都会发作的CRC病患者获取一个审计新疗法的窗口。然而,这些ctDNA框架等位基因组并不一定的MRD侦测方式的频率极少极少是有限的,迫切所需改进其侦测性能指标。

ctDNA的磷酸化侦测胜过ctDNA的框架等位基因组侦测。ctDNA的磷酸化诱发在CRC之中非常常见,并被视为大多数异位的后期阶段。这种磷酸化,具体并不一定为DNA之中胞嘧啶的C5位置添加甲基配体,调节周边地区基因组的表远超,包括经典的抑癌基因组失活。与框架等位基因组相对来说,CRC之中共存愈来愈多的磷酸化诱发区域,为更颇高MRD侦测的频率获取了机都会。SEPT9,就是第一个利用血液循环侦测单基因组磷酸化诱发完成化疗和后期侦测CRC的方式。尽管ctDNA磷酸化有这些缺点,但这些相同的特性也所需谨慎,以保持侦测统计分析的专一性,并能避免真HIV的也许性。

在这种背景下,Parikh和Taieb的除此以部份同一般来说分析结果为我们对ctDNA性能指标的理解获取了有用的补充,即需原发许多组织,极少通过血液循环ctDNA磷酸化或联合ctDNA等位基因组即可完成正确地的MRD审计。与其他所需对原发许多组织完成测序以指导工作后续ctDNA统计分析的侦测不同,除此以部份分析探讨了Tumor-uninformed assays的有效性,它有几个占优势,包括快速的TAT,降低初始成本,对许多组织极低或不可用的病患者完成出现异常。

Parikh等人获取了一种ctDNA磷酸化相辅相成ctDNA框架等位基因组的互换panel完成MRD的统计分析审计(NGS方式),与其他娱乐业上可用的MRD侦测方式相对来说,这种方式不所需切掉的许多组织以及定制化。在就此外科手术后用于时,这种极少尿液ctDNA-MRD侦测对发作具外科意义的专一性(100%)和频率(55.6%),通过紧密相辅相成表型测序不同之处和中轴出现异常统计分析,其频率可进一步更颇高至91%。1 该方式被用于正在完成的必要性分析,包括指导工作IIA期心脏病外科手术对政府的NRG合作组分析(NCT04068103)。虽然还所需额部份的数据集来证明了这些注意到,但这些结果证明了了基于ctDNA的MRD侦测在不知情的情况可给予的侦测性能指标不同之处。

Taieb等人的分析利用了一对在此之后被证明了是CRC切掉后病症关的的磷酸化基因组上面物WIF1和NPY(ddPCR方式),并将它们运用于于PRODIGE-GERCOR IDEA-France试验,将III期CRC病患者随机分为3个年末 vs 6个年末的辅助化疗。在对参加III期试验的III期CRC病患者完成的首次ctDNA-MRD审计之中,有13.8%的病患者术后为ctDNA-MRDHIV,并被确认为独立的病症遥相呼应。3 同时,历史学者也宣称,与其他有别于NGS方式的ctDNA-MRD分析相对来说,本分析之中ctDNA的HIV率极低。频率和PPV同样略颇高于NGS侦测结果,ctDNA-MRDHIV和形容该词的5年DFS共有65%和73%,尽管辅助外科手术的和不理想的前统计分析比对解决问题也许都会对这些结果产生不良影响。该方式在在的是其相对恰当,非常低的成本和潜在的重现性,不所需娱乐业侦测之中所见的专利侦测方式。正在完成的必要性分析将进一步审计极少尿液ctDNA侦测是否必需正确地审计MRD,以便对CRC病患者完成风险低层,并指导工作辅助外科手术对政府。

无论有别于何种方式,极少用尿液ctDNA-MRD侦测来指导工作CRC病患者的外科手术决定,所需可靠且正确地的侦测方式。需进一步更颇高极少尿液ctDNA-MRD侦测的频率来确切哪些病患者可以从外科手术降级之中讨价还价,以避免不恰当地选择颇高危病患者给予极低强度的外科手术。Parikh及其同僚的分析结果说明,紧密相辅相成测序和表型测序以及中轴尿液出现异常,可显著更颇高极少尿液ctDNA-MRD的频率。相对来说之下,ctDNA-MRD侦测的颇高专一性对于ctDNA作为一个完整的旋生物遥相呼应来确切外科手术追加是至关重要的。由于专一性极低,真HIV的ctDNA-MRD也许都会使病患者给予过分的强化外科手术。Parikh及其同僚的分析结果证明了,除框架等位基因组部份,还可以通过相辅相成表型测序磷酸化不同之处的统计分析来保持专一性。Taieb等人的统计分析方式的占优势在于更颇高了外科不同之处的频率和病症,但是,正如历史学者承认的那样,单独的两个基因组磷酸化上面也许无法获取与相辅相成框架等位基因组方式的性能指标不同之处。重要的是,这项工作也强调了标准化统计分析前必要条件的必要性,因为各种提取方式可以在相当大程度上不良影响ctDNA的得率和完整性。在未曾来的分析之中,这些统计分析前的考虑将变得越发重要。

磷酸化被划入MRD侦测的潜力是一致的,希望这些困难重重将继续更颇高将来MRD侦测的性能指标。总之,极少尿液ctDNA-MRD的侦测获取了一个独特的机都会,用于一种无创方式来探索外科手术方案,并有也许根除颇高危病患者的旋转移性鳞状。这些分析结果无疑为未曾来ctDNA-MRD指导工作的必要性外科试验铺平了道路。

MRD,极少极少是一个快速发展的信息技术,我们原订近两年也许都会出现新的证明,要么结果显示出MRD侦测的外科效用的局限性,要么结果显示出MRD侦测的其他占优势和新用途。

参考资料:

1.Parikh Aparna R,Van Seventer Emily E,Siregna Giulia et al. Minimal Residual Disease Detection using a Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assay in Colorectal Cancer Patients.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

2.Bent A, Kopetz S. Going with the Flow: The Promise of Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assays. Clin Cancer Res. 2021 Oct 15;27(20):5449-5451.

3.Taieb Julien,Taly Valerie,Henriques Julie et al. Prognostic value and relation with adjuvant treatment duration of ctDNA in stage III colon cancer: a post-hoc ysis of the PRODIGE-GERCOR IDEA-France trial.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

4.Benson Al B,Venook Alan P,Cederquist Lynette et al. Colon Cancer, Version 1.2017, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology.[J] .J Natl Compr Canc Netw, 2017, 15: 370-398.

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